《福音战士新剧场版：Q》讲述了战舰上，尘封在初号机里14年的真嗣终于苏醒过来，与美里、律子、明日香还有东治的妹妹再会。从众人口中，真嗣得知自己已沉睡14年，但他发现明日香却一点也没有变化，明日香告诉他，EVA的驾驶者受到EVA的诅咒，是永不会变化的。此外真嗣又得知，初号机中获救的仅得他一人，而他奋力从使徒手中救出的绫波丽并没有在初号机的驾驶舱里，不能接受这一事实的真嗣，更得知他再也不需要驾驶EVA，并被迫戴上炸弹项圈，只要他想离开战舰或登上EVA，美里就会引爆炸弹。听到这一切后，真嗣继续抑郁。与此同时，战舰受到EVA MARK09的袭击，从MARK09上感觉到丽的真嗣毅然跃入MARK09的手中离开战舰，美里直到真嗣离开到引爆器电波范围外都没能下定决心引爆炸弹。MARK09被8号机打掉头部。回到NERV本部的真嗣，看到荒芜的景象后震惊不已，在通道上他遇到正在弹钢琴的渚薰，之后再13号机制造室里遇到碇源堂，碇源堂让真嗣在13号机完成后和渚薰一起操纵13号机后就离开了。之后从碇源堂和冬月的对话里得知丽其实是被救出了但是和碇唯一样留在了初号机里了。真嗣和渚薰每天一起弹钢琴，两人关系变亲近，真嗣也渐渐恢复了精神。但是一直不解美里她们要叛变还不许自己再次登上EVA。渚薰带真嗣去看如今变成死地的地表并告诉他这一切都是14年前真嗣自己引起的。当时虽然真嗣只是一心想着要救丽，但他的行动直接引发第三次冲击。而丽是他母亲的克隆。知道真相后的真嗣再度一蹶不振，认为驾驶EVA一点好事都不会发生。13号机完成后也拒绝行动，渚薰开导他并把戴在真嗣脖子上的炸弹摘下戴到自己的脖子上，告诉真嗣这炸弹本来就是准备用来炸死渚薰的。只要他们两人操纵13号机拔出朗基努斯枪和卡西乌斯枪的话，他们就能拯救世界。真嗣终于决定登上13号机。第13号机同绫波丽驾驶的Mark.09一起抵达了中央大垂直沟的最深处，在此薰看到Lil...
