楠见博士率领科学队在南海的佐尔格尔岛上进行秘密天气控制实验，实验失败引发放射性风暴，使岛上的昆虫巨大化。此时一颗巨蛋出现在岛上，而哥斯拉从海上出现，其目的是保护并孵化那颗巨蛋，蛋中孵出了它的儿子迷你拉。哥斯拉之子迷你拉在此片中首次登场。随后，哥斯拉父子与怪兽卡玛基拉斯和库蒙加展开了对决 。影片着重描绘了哥斯拉与迷你拉之间的父子亲情。科学队如何在此种情况中将实验完成并且逃离怪兽魔掌呢？
