超級病毒“金美拉”和抗生素在運送途中，被恐怖組織頭目Sean Ambrose（ Dougray Scott 飾）盜走，Ethan Hunt（Tom Cruise 飾）率領他的IMF小組接受中情局的任務，找回這次，Ethan Hunt找到了女飛賊Nyah Nordoff-Hall（Thandie Newton 飾）搭檔，後者是Sean Ambrose的前女友。Ethan Hunt在獲取Nyah信任的同時，二人也暗生情愫。
