故事舞台在一个地球谜之生命体“Savage”侵略中的世界，“百武装（Hundred）”成为唯一可以与之对抗的兵器，为了成为可以操纵百武装的“武艺者”，有着历代最高百武装适性的主人公如月隼人选择了在海上学园都市舰“Little Garden”入学。在这里他遇到了不知道为什么对自己的事情一清二楚，总让人觉得有些怀念的室友艾米露，甚至还早早的就收到了来自学园最强者，有着“女王”称号的克莱雅的决斗要求……
