地球被未知的生命体．奇居子破坏，倖存的人类搭乘巨大的宇宙船“希德尼娅”航向星海，没想到奇居子竟然在事隔100年后再度出现。再次面临灭亡危机的人类，在人类与奇居子所生下的白羽衣紬，以及操纵卫人的王牌操纵士谷风长道的活跃下，暂时击退了奇居子。人类在历经苦战之后终于获得胜利。在那之后过了10年。希德尼娅的人们享受了一段短暂的和平。紬也偷偷喜欢著成为希德尼娅英雄的长道，就这样过著和平的日子。但是舰长小林明白。只要奇居子还在，和平的日子就不会长久。于是她发起了赌上人类存亡的最后决战。为了保护所爱的人，希德尼娅的最后一场战斗终于开始。
