1000年后的人们，并不是生活在天堂里，而看上去美丽的景象，其实是危机四伏。在人类自我毁灭的浩劫后，以菌类为主的腐海森林，散发着有毒的气体，逐渐的侵蚀着人类的居住区，而生活在腐海中的王虫群，更是可以在瞬间毁灭辛苦建立起来的新的家园的恐怖生物。遭人类破坏后的世界的一些边缘国家的人类生活，风之谷是其中一个， 也是一个世外桃源。一个重要的原因是山谷面对大海， 海风的吹向导致能感染的孢子不会吹进山谷，另一个原因， 是山谷的公主 娜乌西卡，她的智慧和爱心化解了谷民和王虫之间的多次矛盾。故事从巨型输送机坠落在风之谷开始。这架输送机是 多鲁美奇亚原本用来载送工业都市“培吉特”国俘虏。娜乌西卡将夹在残骸中的少女 拉丝黛儿救出，而少女却要求娜乌西卡将残骸烧毁。虽然不明其意但为了让少女安心而答应了，少女随即死去。隔天在坠落地点发现了跳动着的巨大血管群。那就是在“七日之火”将世界付之一炬的最终兵器“巨神兵”。获知了坠落的多鲁美奇亚王国的皇女库夏娜 ，派出了大批编队至风之谷。士兵们陆续闯入城中，震天的枪声惊慌的娜乌西卡奔至父亲房间，发现其父基尔已气绝。为了谷中人民，娜乌西卡自愿做人质和库夏娜等到培吉特。娜乌西卡等人乘坐的大型输送艇，载着其他人质及粮食向着培吉特出发。途中向其袭击而来的是驾驶着战斗艇的培吉特少年 阿斯贝鲁。被侵袭的多美吉亚王国的船迅速地坠落。娜乌西卡所乘的输送艇也早已起火，眼下浓密弥漫，娜乌西卡的战斗艇慢慢地降落，最后降在被巨木包围着的水面。水中王虫将阿斯贝鲁迷失在活腐海的消息告知娜乌西卡，于是娜乌西卡告别吓呆了的库夏娜和城中老伯们，准备去救出阿斯贝鲁。被大群王虫穷追不舍的阿斯贝鲁掉进巨水下的空洞里。在阿斯贝鲁将被虫吞唑之时，乘着滑翔翼的娜乌西卡如风般的出现。娜乌西卡救阿斯贝鲁时，不小心掉落地面，砂覆盖娜乌西卡的身体，随即陷落进去。终于连滑翔翼也一起被砂所吞噬，然而到后来却有了意外的...
